1798年5月19日，拿破仑率领大船队从土伦启航了。这支船队由300余艘运输船组成，装载了2.5万名步兵、3000名骑兵、3000名炮兵和工兵。布律埃斯中将指挥的13艘大型战舰和6艘快速炮帆船负责护航。
拿破仑乘坐的是布律埃斯的旗舰“东方号”。航行途中，来自科西嘉、热那亚和契维塔韦基亚等地的船队也先后加入进来。
这次远征，法军将保密工作做得很好，仅有少数几位高级军官知道他们正驶往埃及。官方直到最后一刻还称他们是英吉利军团的左翼。有关其航行的消息，两周后才传到英国，而且即便在那时，皮特首相还以为法军要在爱尔兰登陆，倒是皇家海军非常警惕。
当时，圣文森特勋爵的地中海舰队正封锁着西班牙港口加的斯，因为那里停泊着一个西班牙海军中队。5月2日，他派纳尔逊海军中将进入地中海去搜索并击毁法国的船队。纳尔逊的舰队最后是由14艘战列舰、2艘快速炮帆船和一艘海岸炮舰组成的。假如它能截住拿破仑的舰队，便一定能轻而易举地重创法国远征军。
但受到风暴和逆风的影响，纳尔逊直到拿破仑早已驶远后才到达土伦。由于他与自己的快速炮帆船分开了，这就不利于他在辽阔的地中海搜索及躲避它的敌人。拿破仑这支庞大的船队在英国舰队行踪不明的情况下，去驶向公海，实际上是一种莽撞的冒险行为，尽管这次行动成功了，也不过属于一种侥幸。
半个多月后，拿破仑的船队平安到达马耳他岛，岛上的马耳他骑士团只象征性的作一下抵抗就逃跑了。拿破仑在这个岛上逗留了一个星期。临走，又留下沃布瓦将军与4000名士兵驻守，大部队则继续远航。
6月30日，拿破仑的船队抵达埃及水域。
在长达一个多月的远航中，法军士兵们在船上由于拥挤，食物补给又不足，沿途吃尽了苦头，许多人都晕了船。到达埃及海岸时，拿破仑派一艘炮舰先行抵达亚历山大港，在那里找到了法国领事马戛龙，从他的口中得知，英军纳尔逊的舰船两天前曾到过亚历山大，为此拿破仑感到很不安。他怕一旦遇到英军舰队，法国船队就会吃亏。所以决定立即在亚历山大港西公开阔滩头登陆。为此布律埃斯将军曾力劝他不要这样做，因为岸边水太浅，不适宜登陆，这位将军主张在离亚历山大港14英里的阿布基尔湾去登陆，那里有隐蔽的锚地和滩头，但拿破仑担心英舰会随时来袭击，便坚持下令在小渔村马拉布特附近登陆，该村离亚历山大港仅8英里。
当时的亚历山大，仅有1.6万人。是一个破旧的小镇，法军登陆的时候，该镇守军还无知觉。拿破仑的部队只登陆了4000人。因为滩头水浅，又刮北风，部队登陆缓慢而又艰难，火炮及给养均未能带上。登陆后，拿破仑即率这4000人向亚历山大进发，法军冲进这个镇时，只以伤亡300人的代价就很快占领了这个港口。
在亚历山大，拿破仑用阿拉伯文向当地居民发布了一份不寻常的告示。他声称法国人不是来打埃及人，而只是来打压迫他们的马穆鲁克统治者，他还宣称法国人才是真穆斯林，因而要求所有埃及人都应帮助法国人驱逐马穆鲁克。拿破仑还向当地的教长和阿訇授了三色勋章。又过一星期后，拿破仑的部队和物资都上岸了。此时，法军便开始向开罗进军。行前拿破仑留下克莱贝尔留守亚历山大，并任总督。梅努奉命占领罗塞塔后也任总督。
按照拿破仑的命令，杜高师沿尼罗河的两面支流溯河而上，保护由船只运送的辎重、弹药和文职人员；佩里上校的炮舰负责护航。拿破仑自己则率德塞、雷尼埃、邦和维埃的4个师抄近路，走沙漠，向尼罗河上的拉曼尼亚进军。
这段沙漠虽只有52英里，但法军是在最炎热的7月进军的，沙漠里没有水，法军又连水壶都没带，结果部队干渴难熬，一路上还要谨防阿拉伯人的袭击，跟不上队的掉队者会遭到贝督因人的凌辱和肢解。部队因而不敢歇息，一气走到了尼罗河边，在那里又暴食西瓜，许多士兵都腹泻了，部队士气都很低落。
尽管部队进军未得到好休息，拿破仑还是命令继续向前进军，他想趁马穆鲁克惊魂未定时打个措手不及。在拉马尼亚，杜高师与拿破仑的沙漠纵队汇合了。拿破仑率领5个师的兵力来到舒卜拉基特，在这里他连夜创造性地布置了一个大方阵，等待着马穆鲁克的骑兵来冲锋。因为此前他已获悉马穆鲁克的前卫已抵达这里。
7月13日上午，马穆鲁克的1.2万名骑兵果然出现了。这些骑兵策马到法军的方阵试探一阵后，即发起了猛烈的冲锋。法军用滑膛枪和霰弹迎头痛击，这一万多骑兵反复冲杀，却始终未能破法军方阵。在法军的左翼，由佩里指挥的炮舰和驳船这时也遇到了麻烦，马穆鲁克的大艘炮舰咬住了他，幸亏佩里炮舰上发射的一发炮弹命中了马穆鲁克旗舰的弹药舱，舰上的人全被炸死，其余的炮舰才慌忙撤走。
在舒卜拉基特的会战中，拿破仑运用步兵方阵取得胜利。这种方阵对付骑兵进攻十分有效。此后过了10天，拿破仑又用同样的方阵在因巴拜击败了马穆鲁克的骑兵。因巴拜已距开罗不远，此地远远望去，金字塔又赫然耸现。马穆鲁克其时尚有1.7万部队守着因巴拜，但拿破仑的兵力有2.5万人，经过2个小时游战后，损失了七八百人的马穆鲁克，不得不弃阵而逃了，法军乘胜进占了开罗。
拿破仑在陆地上的进军取得了胜利，但他在海上的舰队不久却遭到了大厄运。
原来，他留在亚历山大的舰队是由布律埃斯将军指挥的，但拿破仑走时未对其下一步行动路线作明确指示。布律埃斯把他的13艘舰队和4艘快速炮帆船停泊在阿布基尔湾，舰队一字摆开，距海岸约一英里半。
到8月1月下午，英军纳尔逊的14艘战舰突然驶进阿布基尔湾，双方舰队不期而遇，于是一场激烈的海战发生了。战斗中，法舰两侧都受到近距离炮火的扫射。布律埃斯虽然指挥士兵进行了英勇的抗击，但最后都被击败，法军旗舰“东方号”起火爆炸，布律埃斯将军当晚战死。整个法军舰队，仅剩下了亚历山大港的两艘快速炮帆船和几艘传递公文的船只。
阿布基尔的海战发生后，拿破仑征服埃及的形势就不太妙了。尽管他曾击败过马穆鲁克，但并没有消灭他们。到了9月2日，即离此次海战一月后，土耳其也向法国正式宣战。