本书点校，南史和北史都是採用百衲本（即商务印书舘影印元大德本）为工作本。南史以汲古阁本、武英殿本进行通校，以南、北监本和金陵书局本作为参校。北史以南监本、武英殿本进行通校，以北监本、汲古阁本作为参校，又查对了北京图书舘所藏宋本残卷。版本異同，一般择善而从，不作校记；但遇有一本独是或可能引起误解的地方，则仍写校记说明。
除版本校勘外，还参校了宋书、南齐书、梁书、陈书、魏书、北齐书、周书、隋书和通志。因为南北史本是节删八书，它的原则是「若文之所安，则因而不改」，这八部史书当然可以作为校勘的主要根据。而通志的南北朝部分，则基本上是钞録南北史，文字上的異同，对于校正这两部史书也有一定的参考價值。此外，还参考了通鑑、太平御览、通典等书。前人成果利用最多的是钱大昕的二十二史考異和张元济、张森楷的南北史校勘记稿本。其他如王鸣盛的十七史商榷，张熷的读史举正，洪颐煊的诸史考異，李慈铭的南史札记和北史札记等书，也都曾参考。
各卷目录基本上保持元大德本原目，只改正了其中若干错误。
卷一