商定之后，李连杰派人把方世玉的剧本大纲送给元奎。
过了几天，李连杰找来元奎，因两人都是老朋友，李连杰开门见山地说：“元导，我的剧本你也看了，就不多说了，我想请你执导方世玉一片，希望你帮我一把。”
元奎笑笑，爽快地答应了。见元奎答应，李连杰很高兴。两人开始讨论起具体的事情来，元奎对李连杰说：“片子我想了一下，你拍方世玉有优势，也很合适。而且古装戏对你专长的动作有帮助，另外，方世玉这个人物用喜剧的方法去拍，观众容易得到新鲜感。”
李连杰说：“对，观众就是上帝。现在的电影只要视觉及听觉上配合，动作潇洒而有少许突破就可以，人的四肢打起来永远都是那几种，所以重要的地方是有个好剧本，可爱的人物。”
随后，李连杰又说：“方世玉一片准备请萧芳芳、李嘉欣、计春华、郑少秋出演，萧芳芳演苗翠华、李嘉欣演雷老虎的女儿、郑少秋演陈家洛、计春华演反派于振海，你觉得合适吗？”
元奎说：“萧芳芳的工作态度我很佩服，他在身体不舒服时仍全情投入，她拿着剧本充分消化，自我丰富以臻完善，甚至与对手了解怎样去表达一场戏，我想是她从影几十年以来的经验累积，除了女星着重的漂亮外型外，她还关心每一个人给观众的感觉，每一细节她都用心想过。这在演员中是很难得的；李嘉欣的选择也很好，我们需要个纯洁点的形象，她的第一个镜头很重要，我们要她用眼神演戏，这样会有内容；至于郑少秋，我想他在影片中着重体现出老大的感觉；计春华嘛，当反派当惯了，肯定是没有问题的。”说完之后，元奎笑了起来。
李连杰也跟着笑了起来，说道：“这些人物一个人一种性格，方世玉顽皮正直，苗翠华泼辣张扬、雷老虎的女儿纯情刚烈、陈家洛、于振海阴险恶毒。”
“那在武打动作上怎么设计呢？我想在这部影片中区别于李小龙的生猛和成龙的拼命。”
元奎思考了一下，说：“在这部武打片里要发挥你的特长，《黄飞鸿》一片中，除了有武学正宗遗留的大家痕迹之外，还表现出中国传统文化熏陶出的儒雅。在方世玉电影中你仍要做到这一点，用舞蹈般华美的招数戏打对手，先礼后兵，后发制人，点到即止，招招留情，一次次将武艺与侠义完美地结合，既打败了敌手，又打败了观众。”
元奎的话说得李连杰很高兴，他拍拍元奎的肩膀说：“好，武打设计就按你的办！”
从元奎那里回来后，李连杰便花精力想如何去塑造方世玉这个人物，为此，他钻研了好长一段时间，李连杰希望在方世玉上有较大的突破，他说：“我不想让人认为我只懂得演黄飞鸿，我想摆脱黄飞鸿的形象，去创造一个新的东西。”
最后他从方世玉与黄飞鸿的比较中获得了灵感。
黄飞鸿的形象是一代宗师，他的心里背负沉重的包袱，有家庭的有国家的，所有其一举一动都要稳重，就是武打动作的设计也不能轻浮，要沉得住气。而方世玉是一个无忧无虑的年轻人，脑袋里一切里什么也不想，做什么事情都很直接，他的一些动作相对于黄飞鸿来说要随意得多。
李连杰分析时说：“方世玉是一个很随意，很机灵，有正义感的人，他出手的时候不会想到这一出手跟家族会扯上什么关系，他只有母亲，但母子关系却原近乎姐弟感情，无所不谈，路见不平，打过再说。”
“方世玉还有一个特点是少不更事，他的心目中只有父母。父亲是严厉正义，母亲是爱护有加。父亲选择红花会时，说这一条路可能影响母子两人今后的生活，方世玉胡乱说了一番后，仍然认定父亲是对的！”
为了取得开门红，李连杰为讲好电影的故事耗尽心血，剧本几经修改才定稿。《功夫皇帝方世玉之谁与争锋》一片的剧情简介为：武功高强、行侠仗义的好汉方世玉深受反清组织红花会总舵主陈家洛的青睐。然而，心狠手辣的红花会二号人物于振海，认为方世玉是他争坐总舵主之位的障碍，欲置方世主于死地。红花会会员不知总舵主是当朝皇帝乾隆的亲哥哥。居心叵测的日本浪人获得了陈家洛的“身世书”欲交乾隆皇帝。陈家洛知道，一旦身世暴露，红花会将面临分裂的危险。于是，他派方世玉拦截日本浪人。方世玉不知要夺之物的重要性，途中为救一遭劫少女而未拦截成功。不久，密探禀报陈家洛，“身世书”落入两广总督孙士毅之手，而他的女儿孙安儿正是被方世玉解救的遭劫少女。陈家洛又派方世玉用“美男计”智夺“身世书”。孙安儿早已悄悄爱上方世玉，孙士毅也知他加入了红花会。为降伏方世玉，他将计就计来个比武招婿。身手不凡的方世玉将美人孙安儿轻取怀中，痴情的孙安儿明知方世玉不是为她而来，仍真心成全了她的心上人。方世玉打开“身世书”顿时明白了一切。他争忙打道回府，却被官兵团团围住，幸得孙安儿挺身相救转危为安。方世玉对陈家洛身世守口如瓶，谎称未取到，奸诈的于振海逼陈家洛新手废掉方世玉的武功，受重伤的方世玉被母亲和师兄带回茅舍养伤。于振海则以阴谋手段绑架了陈家洛，爬上了总舵主的交椅。他断定方世玉知道陈家洛的身世，为巩固自己的地位，于振海决定带兵追杀世玉。师兄为掩护方世玉被杀，方的母亲也被于抓获。为救母亲，方世玉忍痛杀回红花会与于振海决战。于振海万没料到方世玉的武功并没被废掉，恶贯满盈的于振海终于死在方世玉的手下。陈家洛重新掌权，力邀方世玉共创大业。方世玉却毅然退出江湖，和母亲、未婚妻一起回乡隐居。