两人离多聚少，婚姻的裂痕渐渐扩大。李连杰每次拍完片后，回到美国，尽量装出高兴的样子，但黄秋燕还是觉察到他内心的不安，缘分似乎尽了，只是李连杰出于责任而支撑着这个家。
黄秋燕虽然很爱李连杰，心里为他的辛劳担心，但黄秋燕是那种嘴上不饶人的人，当她听到一些关于李连杰与利智的流言后，就会质问李连杰，一个问题接一个问题轰过来，把李连杰轰得难于招架，李连杰只好苦着脸解释，尽力地让她满意，但是李连杰经常是越解释越糊涂，弄得黄秋燕更加火冒三丈，李连杰也如坐针毡。一时间，家里没有一点温暖，形如冰窖。
那一段时间他们两人经常吵架，李连杰2004年在接受媒体采访的时候说：
练武功的女孩个性倔强、好胜心强，婚后我们吵得天翻地覆，感情上受了重创。
李连杰觉得无论与不与利智相爱，都到了与黄秋燕决裂的时候。怎么向她表白自己的心迹，李连杰想了很多办法，最后，他采用了打电话的办法，他想，这种办法对她的伤害也许最小。
没多久，黄秋燕接到了李连杰的电话，先是简单地问了一下家里的情况，黄秋燕觉得不正常，以为有什么事，就问：“你是不是有什么事要跟我说，有话就直说嘛。”
听得黄秋燕这样说，李连杰硬起头皮说：“我想我们的缘分到头了。天天吵也不是一个办法。该分的终究要分开。”
黄秋燕听了如同晴天霹雳，马上哭了起来，说：“是不是因为那个人？”
李连杰说：“也不完全是，但我跟她现在相爱了，我对她可以付出一切，对你从来没有过这种感觉。”
黄秋燕如头上浇了一盆凉水，浑身冰凉，这样一来她倒而平静了，说：“我知道这是迟早的事，但没想到来得这么早，我只想慢点来而已。”
说完，她抱着电话失声地痛哭，哭了许久许久。
李连杰没挂电话，良久无语，只听着妻子的嘤嘤地哭泣，等她哭完后，轻轻地说，他跟她在一起并未感到很多快乐，更多地是一种责任。
黄秋燕想，既然李连杰留在自己身边不快乐，天要下雨，娘要嫁人，就随他去吧!感情的事勉强不来，男人的心没抓住，留住人又有何用?经过一番痛苦的思索，黄秋燕答应离婚。
1991年的夏天，两人回北京离婚，两个女儿判给黄秋燕，考虑到离婚后黄秋燕处于失业状态，无力抚养，女儿的抚养权归李连杰。
李连杰为了补偿她感情的创伤，将在美国贷款买的房子和一部分积蓄也给了她，以此来弥补心中的歉意。
离婚后，黄秋燕把两个女儿送到李连杰母亲的家里，由李连杰的母亲张凤兰抚养。
离婚之初，黄秋燕很痛苦，甚至感到绝望，天天到教堂哭泣，与上帝交流，借以寻求内心的宁静。每当薄暮降临，空寂的教堂里，端坐着她纤细的身影，即使这样仍排遣不了内心的苦闷。
精神上的痛苦没有疗养好，生活中的接踵而来。
黄秋燕与李连杰离婚后，两人贷款买的房子，因黄秋燕无力偿还贷款被收走拍卖，黄秋燕既无住处也无工作，生活非常艰难，处于失业状态，这时，有一个好心的霍太太把自己的一间地下室腾给黄秋燕住，黄秋燕在那个地下室住了很多年，直到后来工作稳定以后，才租了一间很小的公寓。
黄秋燕在洛杉矶的很多朋友也向她伸出了援助之手，香港的郑明明让黄秋燕到香港的美容学校免费学习美容技术，学成之后郑明明本来打算让黄秋燕去她在美国旧金山的美容院做管理工作，但黄秋燕只同意做美容师，当一个“打工女”。黄秋燕在郑明明的美容院干了十年。
刚离婚的那一段时间，黄秋燕的心还牵挂着李连杰，每隔一段时间都会通通电话，仍与他保持着朋友关系，毕竟2O多年的感情，不是说断就断了。
李连杰的恩师吴彬教练曾透露过黄秋燕离婚后的状态，说：
这些年来，我每次去美国有机会都要和黄秋燕见一面，黄秋燕在美国过着最普通的平民生活，刚开始离婚时对他的精神打击很大，近乎崩溃，现在调整过来了，精神状态很不错。
李连杰的岳父黄伯寿和岳母陈良环也曾对媒体说过黄秋燕离婚后的生活：
她是一个痴情女，离婚后她从来没有说过李连杰一句坏话，有时别人说李连杰不好，黄秋燕还很生气，尽力地维护李连杰，虽然黄秋燕和李连杰的婚姻是一次失败的婚姻，但是他们到现在关系还不错，没有把爱变成恨，作为长辈我对此感到很欣慰。
黄秋燕每年都要回国两次，每次回国的时间都要赶在两个女儿放寒暑假的时候，她回来后把两个女儿从李连杰母亲那里带到自己的家里住上十天半个月。黄秋燕跟李连杰母亲的关系一直非常好，即使离婚了，她见到李连杰的母亲还叫妈。黄秋燕跟两个女儿虽然一年在一起的时间很短，但都非常亲密，每次回国都会给她们捎上很多礼物。他们老两口儿每年会给两个外孙女一万块钱压岁钱，这样做既是为了疼爱外孙女，也是为了补偿一下。黄秋燕跟两个女儿在一起的时候，从来不提李连杰半个字，黄秋燕也不说她和李连杰的事，怕给孩子的心里留下阴影。
李连杰与黄秋燕离婚后，开始了漫长的追逐爱情的生涯，一次，利智与他约会时，立下一个约定，“如果我们十年之后还是那么相爱，还有恋爱时的那份激情，我们就结婚生子。”李连杰答应了。