戴笠在重庆的非正式机构各式各样，其中包括一个叫做“裕民米店”，实为大米囤积库的连锁粮食商店，以及在珊瑚坝机场附近的飞虹照相馆这类偷拍有反蒋嫌疑的旅客照片的照相馆。
战时首都重庆的大多数饭馆老板都与军统有非正式的关系，但一些最大的则实际属于军统官员们掌管：皇后饭店是军统大特工许忠午开的（他还在打铜街开了一个舞厅）；邹容路上的新味腴餐厅和民生路上的味腴餐厅，为侦缉大队副大队长沈夕峰所拥有；而凯歌归菜馆是黄埔军校毕业生李岳阳开设的，此地是国民党高级军官常去的地方。此外，大多数旅馆的服务人员，尤其是在重庆最大的旅馆胜利大厦里的服务员，全都是军统特工开办的“跑二排”。
这些非正式的掩护机构和半特工们都由重庆特区（即渝特区）管辖。该特区负责外勤，而它的外勤人员直接向稽查处汇报。渝特区由姜绍谟任区长，区部设在老街32号，此地在战前是西南军政公署第二处办公处，现在是军统在当地行动的“丑恶网络”或“巨大的无形网络”的中心。该办公室有40到45名高级情报官员，他们掌管军统在全市的所有人员，包括民主党派人士和一些从共产党那里过来的“叛徒”。特区本身被划分为5个地区组，其中最重要的是西郊组办公处，它负责监视共产党红岩村和《新华日报》办事处。由于西郊组无力收集关于共产党在红岩村的情报，姜区长向沈醉建议向他的特工颁发枪支（正常情况下便衣外勤人员不佩带枪支），来诱惑共产党向他们开火。他说，这样，在混战之后，军统的人便可以冲进共产党的村子搜查他们的地盘。沈醉向他的上司汇报了这个计划，戴笠一听就火了，骂姜是“饭桶”，并指责沈醉本人赞同这种愚蠢的计划：“你在胡闹！我们和共产党作斗争靠这些办法能达到目的吗？打死了算白打死，打伤了是活该！不准在这个上面去打主意！”
所以，对军统正规特工的实际政治监视，戴笠的总部会予以相对严格的控制。但军统在“外围分子”活跃的地方则比较放松，而他们几乎遍布重庆，这些到处都是的密探和间谍非常起劲地搜寻有“进步”嫌疑的人，以维持他们作为军统“跑二排”的微薄工资。这些毫无纪律的监视人不仅利用与军统遥远的关系来进行敲诈；而且他们知道，假如不能在一年里起码搞到一两份情报，他们就会被除名。结果，普通的市民人人自危，怕被告发，他们知道一出门就会被盯梢，而且，起码在他们探访亲友时，爱管闲事的邻居会把他们的出现报告给上级秘密警察当局。与此同时，所有的信件、电报和电话全都受到监视。